واصل البابا تواضروس فى عامه التاسع على الكرسى البابوى فى 2021 جهوده لتنظيم أوضاع الكنيسة الأرثوذكسية مع الحرص على التجديد ومواكبة مستجدات العصر، فضلاً عن الاهتمام بهيكلة الإيبارشيات وذلك بالتزامن مع العودة تدريجياً لأنشطة الكنيسة مع الالتزام بالإجراءات الوقائية ومزيد من التوعية من الكنيسة حول فيروس كورونا والتى جاءت كأبرز التوصيات الصادرة عن المجمع المقدس.

كما وجّه أيضاً بتشجيع المدارس والحضانات التابعة للكنائس، وكذلك التربية الكنسية بقبول ذوى الاحتياجات الخاصة التى تسمح حالتهم بالدمج وتوعية الأطفال بعدم التنمر عليهم، فضلاً عن وضع ميزانية لدعم التعليم والصحة لأبناء المسجونين، وتأهيل الخارجين من السجون نفسياً ومهنياً وتبنت سكرتارية الرعاية الاجتماعية للبابا تواضروس برنامج «علِّم ابنك» وذلك للاهتمام بتعليم التلاميذ فى مراحل التعليم الأساسى من خلال مجموعات تقوية بالكنائس.

وافتتح البابا الـ118 الموقع الرسمى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى 10 مارس 2021 لتوثيق وتسجيل ونشر كل ما يحدث وحدث فى الكنيسة القبطية، وقام بتدشين 15 كنيسة داخل مصر فى عامه التاسع وسيّم البابا 7 أساقفة وقام بتجليس اثنين آخرين.

وقام البابا تواضروس فى عامه التاسع بعمل الميرون المقدس للمرة الثالثة فى حبريته وفقاً لأسلوبه الجديد، وذلك بدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، كما أصدر البابا 20 قراراً بابوياً لتنظيم الشئون الداخلية للكنيسة القبطية الأرثوذكسية والإيبارشيات التابعة لها فى الداخل والخارج وأبرزها إعادة تشكيل لجنة التاريخ القبطى وتشكيل اللجنة البابوية للعناية بالكنائس القديمة وتشكيل دوائر الأحوال الشخصية الإقليمية للكنيسة القبطية الأرثوذكسية دورة (2021-2024م)، بالإضافة لتوقيع بروتوكول تعاون مع «حياة كريمة».